Suốt trong nhiệm kỳ tổng thống của Franklin Roosevelt, Eleanor nói nhiều về Phong trào Dân quyền Mỹ và về quyền của người Mỹ gốc Phi. Mặc dù FDR không tỏ ra tích cực với lý tưởng dân quyền vì cần sự ủng hộ của đảng viên Dân chủ miền Nam (công khai ủng hộ phân biệt chủng tộc) để thúc đẩy những vấn đề khác trong nghị trình, chính nhờ mối quan hệ của Eleanor với cộng đồng người Mỹ gốc Phi đã giúp Franklin Roosevelt giành được nhiều phiếu.Năm 1939, ca sĩ opera Marian không được phép trình diễn tại Constitution Hall ở Washington, Eleanor đã sắp xếp cho Anderson trình diễn trên những bậc thềm của Đài Tưởng niệm Lincoln trước đám đông khán giả lên đến 70.000 người, chưa kể hàng triệu thính giả trên toàn quốc trực tiếp nghe cô hát qua sóng phát thanh.Eleanor chống lại quyết định của chồng khi ông ký sắc lệnh quản thúc 110.000 người Nhật Bản và công dân Mỹ gốc Nhật trong những trại quản chế đặt ở miền Tây. Năm 1943, cùng với Wendell Willkie và những người Mỹ khác quan ngại về những mối đe doạ cho hoà bình và dân chủ trong Chiến tranh thế giới thứ hai, bà ra sức vận động thành lập Nhà Tự do (Freedom House).Eleanor nhận được những số tiền lớn nhờ những hoạt động quảng cáo. Văn phòng Cà phê hãng hàng không Pan-American, được hỗ trợ bởi tiền thuế từ tám chính phủ nước ngoài, trả cho Eleanor mỗi tuần 1.000 USD tiền quảng cáo. Khi Bộ Ngoại giao phát hiện chuyện Đệ Nhất Phu nhân được các chính phủ ngoại quốc trả tiền quá hậu hĩnh đã tìm cách ngăn chặn hợp đồng này nhưng không thành công.